Me supongo la nave tiene un rigid body que esta guardando al velocidad o algun otro cambio que tiene durante el juego y al volver a posicionarla mantiene eso y afecta todo lo otro. Me paso una vez intentando hacer un Flappy bird que si chocaba de cierta manera una pared se modificaban valores en el rigidbody y despues empezaba raro. O lo volves todo a 0 cuando lo moves (Velocidad y todo eso del cuerpo) o evitas que se altere al chocar. Espero sea algo de eso y ayude
Edit: Comente antes de jugar y capaz es otro el problema, pero no lo borro por la verguenza de comentar antes de probarlo igual jaja