Hola amigo, ya se que es lo que pasa con tu juego... al exportar un juego para windows con Godot se crean 2 archivos... el ejecutador (.exe), y el paquete de recursos de tu juego (.pck), sin el archivo .pck tu juego no podra correr y al ser solo un archivo .exe, el mismo windows te advierte que puede ser un virus.
Para solucionar tu problema, mete en una carpeta los archivos .exe y el .pck de tu juego, despues comprime la carpeta en un .rar y despues sube ese .rar aqui a tu pagina de itch.io.
Suerte Hermanito
Si quieres aqui te dejo un ejemplo, este es un juego que hice en godot y lo subi con los 2 archivos: https://isaackiux.itch.io/caught-in-the-loop