¡Hola! Perdón por la demora. Ayer publiqué el caso en dos foros de Godot y dos personas me han respondido. El primero dice que puede que encuentre una solución en los problemas de Godot Github y que trate de hacer un proyecto pequeño para ver que puede suceder. El segundo me dijo que podría solucionarse el problema ejecutando el programa desde Terminal aunque podrían verse algunos errores, y también que trate de revisar el código del juego y ajustarlo un poco. Aquí te dejo los links de las páginas de los foros:
https://forum.godotengine.org/t/problems-exporting-to-linux-ubuntu/48793
https://godotforums.org/d/39249-problems-exporting-to-linux-ubuntu/2
Seguiré buscando una solución al problema.