Да, уже сейчас если вы установите игру из Стима, то она будет использовать сохранение от itch.io и наоборот. Это происходит потому что игра хранит сохранения в разрешенном операционной системой месте, а не в папке с игрой :) Кстати, из-за этого пока нельзя удалить сохранения :(