Opa, obrigado por testar o jogo!
Não é necessário retornar pra farmar pontos em todas as dungeons, só as 2 primeiras tem eventos novos quando se consegue a party completa. Mas mesmo se você não voltar, dá pra maximizar o nivel de afeição de pelo menos 2 ou 3 das garotas. Esses eventos estão lá mais pra complecionistas e fanservice (no quesito de ver mais interações dos personagens).
Quanto a marcação, elas ficam marcadas como os eventos padrões, você teria que procurar na dungeon por isso. Mas fiz questão de colocar esses eventos em locais mais "fáceis" de se lembrar, já imaginando em como seria a situação de voltar lá. Como na primeira dungeon, que tem um evento novo no segundo andar perto de um laguinho (o único daquele andar na dungeon.)
Fora as duas primeiras dungeons, normalmente os eventos extra estão nos andares extra das dungeons (como a quarta área do Tabuleiro da Floresta ou o quinto andar das Masmorras). Então é bem fácil de encontrá-los.