Esse projeto é incrível, a qualidade é alta, a arte toda é super consistente e tem muita opção de tudo, parabéns pelo trabalho.
Sinto muito por você ter perdido os arquivos, se eu estivesse na mesma situação eu tentaria vetorizar as images usando inkscape provavelmente os assets com maior contraste entre cor e contorno, e tentaria salvar em algum formato que o Photoshop ou outro programa Adobe lesse ou trabalharia direto no inkscape.
Você também poderia fazer as variações de cor usando código, assim só precisa fazer 1 asset de cada e ter todas as cores possíveis.
Eu posso tentar explicar com mais detalhes caso vc tenha interesse.