Esto es un error del editor: Cuando hay un Flash y luego un cambio de paleta ocurre una especie de cambio de paleta constante.
Realmente es que el cambio de paletas tiene una función para hacer ese cambio de paletas constante (Si te fijas, el cambio de paletas deja seleccionar 2 paletas) para des habilitarla, debes solamente seleccionar la misma paleta (Entonces no cambiará).
Próximamente Delga sacará un tutorial explicando todo el editor.