Realmente es que el cambio de paletas tiene una función para hacer ese cambio de paletas constante (Si te fijas, el cambio de paletas deja seleccionar 2 paletas) para des habilitarla, debes solamente seleccionar la misma paleta (Entonces no cambiará).
Próximamente Delga sacará un tutorial explicando todo el editor.

Eso es muy extraño y no debería ocurrir.

El editor de niveles se estuvo actualizando un poco. ¿Tienes la versión más reciente? ¿Estas usando el editor desde una PC windows, o con una maquina virtual?

Podrías probar con intentar crear un nivel de prueba rápidamente y exportarlo.

si continua el error informanos. Aunque lo más probable es que sea alguna especie de incompatibilidad con el sistema de archivos de tu PC.