No hay manera de arreglarlo. Es un “falso positivo”. No tiene virus, pero windows lo toma como riesgo, porque eso es lo que hace con todos los ejecutables que no están firmados. Parece ser que la unica forma de solucionarlo es que compre un certificado para firmar el ejecutable, y ese certificado debería de renovarlo cada año, no es viable.
https://github.com/godotengine/godot/issues/45563
De todas formas muy simple, si no te fías en esta misma página arriba del todo tienes el juego para jugar desde desde el navegador, es exactamente el mismo juego. Es más cómodo jugar la version de escritorio (el ejecutable), pero windows te va a mostrar siempre ese aviso
Saludos