En ambos casos está detectando el pen como dispositivo, por lo que supongo que se conecta por bluetooth? Vamos, ahí está el asunto. En el primer log se ve que asigna al player 1 (player 0 en el log) el pen, y al player2 (player1 en el log) el primer mando de xbox. En el segundo caso con solo teclado sigue asignando al player1 el pen y al player 2 le asigna WASD. Lo que me extraña es que en el primer caso no puedas mover al player2 con el gamepad (que podría ser si no he configurado bien el mando de xbox o no entiende la simulación), pero más que en el segundo caso no se mueva el player2 con WASD. Entiendo que el Player1 no se mueva en ningún caso, porque no me imagino cómo podría funcionar con el pen, pero el Player2 al menos con WASD sí debería moverse.
En cualquier caso vamos a revisar el código para que ignore cosas que no sean el teclado, joysticks o gamepads :)