Bueno, pues como te decía em twitter, poniendo una imagen de fondo y con un poco de magia perezosa, podrías tener algo que funcione sin que sea venirse arriba del todo. Empecemos:
Known Unknows son considerados por su autor como un poquito de Visual Novels. Estos juegos son popularísimos, y como ves el estilo visual y técnico no es nada del otro mundo. Como puedes ver estos juegos NO posicionan texto en lugares determinados.
Secret Agent Cinder http://emilyryan.se/cinder/secret-agent-cinder.html
Una cenicienta muy visual y que tampoco pone el texto donde quiere.
Los Silly Berrys tienen varios juegos que sí colocan los textos en plan wassup, lo cual puede valer para algo tipo Visual Novel:
http://sillyberrys.net/tags/johan-paz/
Echa un ojo a Domingo Temprano.
Los hipertextos experimentales de Johan están hechos en Squiffy... pero al final del día es CSS que estilosea un html, así que te pueden servir como base para modificar los Twines visualmente.
No sé si Johan recomendaría otro que tenga algo que buscas.
Por último... en Twine 2, es posible que tengas que usar un formato u otro para lograr tus objetivos. Haz una prueba técnica con el formato por defecto (Harlowe 2) y si se te atraganta, entonces tendrías que tirar por otro formato. Del cual ya hablaremos otro día.
¡Suerte!
PD: por último no queda claro si necesitas un colaborador técnico, o si sólo quieres orientación y ayuda al respecto. Para darle coba a esto mañana en redes sociales.