Я считаю это скорее фишкой, чем проблемой. Поставил корабль не подумав - получай просадку энергии за невнимательность. Стратегия всё же. В стратегиях нужно думать с учётом всех возможностей игры.
Да и это в принципе можно считать частью нарративного дизайна. Чтобы встряхнуть игрока, привести в чувства, чтобы он не считал себя неуязвимым после отстройки хорошей базы. Чтобы показать, что его слабость - не оборона, а банальная Невнимательность!
P.S. Отключение энергии важная часть геймплея, часть баланса и прикольная фишка. Мы не собираемся добавлять кнопку удаления предметов, чтобы это исправить. Лучше уж игра будет особенной, с закосом под хардкор. Где каждая ошибка может быть фатальной.